最佳cutoff生存曲线
简介
通常在进行两组的生存分析时,使用基因表达的中位数作为阈值,p值不一定显著,这时可以使用best cutoff方法获得最佳表达值作为分类依据,将样品分成高低两组,然后再绘图。默认log-rank方法。调用ggsurvplot R包
数据说明
数据分三列,第一列是时间,第2列为状态(1 alive, 2 dead,或者0 alive,1 dead),第三列为基因表达值或者其他值,不能有空或者NA。
论文例子
如何引用?
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正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Oct 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.