常见物种基因ID转换
简介
基因ID转换是数据分析中非常常见的一项任务。本模块使用NCBI数据库的数据,可以将Ensembl ID或者NCBI entrez ID批量转换为gene symbol,并添加基因的描述信息。20240817更新
输入输出
输入为ENS开头的Ensembl ID(例如ENSG00000078053)或纯数字的entrez ID(例如:273),一行一个。
输出为:转化后的结果。包括ensembl id, gene id, symbol, description, type_of_gene。部分基因可能由于数据库版本更新,ID废弃等原因匹配不上
示例
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273
9751
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输出 |
GeneID EnsemblID Symbol description type_of_gene
273 ENSG00000078053 AMPH amphiphysin protein-coding
9751 ENSG00000101298 SNPH syntaphilin protein-coding
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如何引用?
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知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Oct 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.