物种累积曲线
简介
物种累积曲线(Species accumulation curves,SAC),用于估计特定区域中的物种数量。物种累积曲线反映的是抽样个数对物种多样性的影响,当抽样个数较少时,发现的物种并不全面,并不能表征整个群落结构;随着抽样个数的上升,发现的物种种类数越来越多,也更能表征这个群落结构。这里的“抽样”,既可以指物种个体数量,也可以指观测的样方数量。调用vegan R包
数据说明
矩阵形式。每一行代表了一个样本,不同样本采样的地点不同,每一列是1个物种的丰度。一行画一条线,10种可选颜色,超过10个则默认全黑色。横坐标为调查到的个体数量,纵坐标为物种种类数。随着调查到的个体数量逐渐增加,曲线趋近平缓,代表群落中的物种接近全部被观测到;反之表明不饱和,还需继续调查物种。
论文例子
如何引用?
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正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Oct 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.