用前必读
1,使用excel存储并调整数据,然后拷贝、粘贴到输入框
2,先用输入框下方的“输入检查”按钮检查输入,通过后再作图
3,表头请勿使用#,<,>,%,(,)等特殊符号。默认仅支持英文字符
4,使用inkscape或者AI修改文字、字体,图例,处理截断
5,生信项目合作,提交bug、发文引用换积分,请加管理员微信(页面右下)

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必需输入  单细胞火山图绘制教程
数据较少(拷贝、粘贴):

数据较多(上传tab分割的txt文件,文件名用英文,不能超过20M)

可选输入
待标注基因(4列:总表中的某几行,不带header。留空则默认标注top10)

注:不是所有指定的点都标注,仅能标注比较离散的点

图片大小
图片宽度:;图片高度:

字体大小
cluster字体大小:
Y轴数值刻度字体大小:
Y轴说明文字字体大小:
标注基因名字体大小:
图例文字大小:

cluster背景
cluster背景颜色:
cluster背景透明度:

cluster矩形框颜色(12+用系统默认颜色)
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颜色12:

阈值
p阈值(可使用科学计数法,例如1e-50):
avg_log2fc阈值(控制矩形高度):

颜色模式




点颜色(与颜色模式对应)
颜色1:
颜色2:
颜色3:

其他
点大小:
Y轴说明:

字体


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scRNA-seq火山图

简介
与传统的两组比较火山图不同,scRNA-seq火山图是多个cluster(vs 其他cluster)的比较。本图利用jitter方式在一张图上展示多个cluster的差异基因。X轴是不同的cluster(细胞簇),Y轴是avg_log2FC。也可以用于多个比较的bulk RNA-seq
数据说明
输入数据有4列:第1列是基因名;第2列是avg_log2FC;第3列是p/FDR值;第4列是cluster(细胞簇名)。默认标注每个cluster的avg_log2FC top10基因,或者待标注基因里有数据时,标注所指定的基因。
论文例子
A Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Heart
输入 示例数据
输出

如何引用?

建议直接写网址。4400+篇google学术,3700+篇知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Oct 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.