Pearson、Spearman相关系数
简介
皮尔逊相关系数(Pearson correlation coefficient),用来反映两个随机变量之间的线性相关程度。r的取值在-1与1之间。取值为1时,表示两个随机变量之间呈完全正相关关系;取值为-1时,表示两个随机变量之间呈完全负相关关系;取值为0时,表示两个随机变量之间线性无关。
斯皮尔曼相关系数(Spearman correlation coefficient),连续数据,正态分布,线性关系,用皮尔逊相关系数是最巧当的,当然用斯皮尔曼相关系数也可以,只是效率没有皮尔逊相关系数高;上述任一条件不满足,就使用斯皮尔曼相关系数,不能使用皮尔逊相关系数。两个定序数据之间使用斯皮尔曼相关系数。
数据说明
矩阵形式数据,
不能有重复的名字。第一列是说明,第二列到最后一列是每个样品对应的值。若数值包括2列,则绘制散点图,多于两列,输出相关系数矩阵,可以将输入粘贴到
相关系数作图
论文例子
Quantitative trait locus mapping of rust resistance and agronomic traits in spring wheat. Fig2
如何引用?
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知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Oct 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.