用前必读
1,使用excel存储并调整数据,然后拷贝、粘贴到输入框
2,先用输入框下方的“输入检查”按钮检查输入,通过后再作图
3,表头请勿使用#,<,>,%,(,)等特殊符号。默认仅支持英文字符
4,使用inkscape或者AI修改文字、字体,图例,处理截断
5,生信项目合作,提交bug、发文引用换积分,请加管理员微信(页面右下)

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必需输入  带共同基因标注的双火山图绘制视频 文字教程
左侧数据 数据较少(粘贴):(三列:基因名,log2FC,P)

数据较多(上传):(tab分割的txt文件,文件名用英文,不能超过10M)


右侧数据 数据较少(粘贴):(三列:基因名,log2FC,P)

数据较多(上传):(tab分割的txt文件,文件名用英文,不能超过10M)


待标注基因(一列:必需是在左右两侧都存在的基因)

可选输入
图片大小
图片宽度:;图片高度:

阈值(请调整阈值,保证左右两侧的上调、下调都有点)
左侧倍数变化阈值(必需>1):;左侧P阈值:
右侧倍数变化阈值(必需>1):;右侧P阈值:

颜色
显著上调颜色: ;显著下调颜色:
不显著颜色: ;标注基因颜色:

X轴标注(谁vs谁)
左侧火山图标注文字:
右侧火山图标注文字:

P极值处理(小于该值的,设置为该值,例如p=0的强制转成p=1e-100
左侧火山图P极值:
右侧火山图P极值:

Y轴最大值(不填则自动)
左侧火山图Y轴最大值:
右侧火山图Y轴最大值:

中间区域
中间区域的宽度:
标注基因的最低位置:
点大小:
点颜色:

字体大小
X/Y轴说明字体大小:
X/Y轴数值刻度字体大小:
火山图标注阈值文字大小:
中间区域基因名文字大小:
图例文字大小:

字体


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带共同基因标注的双火山图

简介
当样品是三组时(例如对照,用药,撤药),可以使用串联的双火山图,标注用药vs对照上调的基因,及用药vs撤药上调的基因,即那些呈现低-高-低,或者低-中-高等趋势的基因,相当于常规火山图+venn图+标注基因的组合。
数据说明
输入数据有3个:1)左侧火山图的数据:第一列是基因名(唯一);第二列是log2FC(正的表示上调,负的表示下调);第三列是p值(或者FDR等)。
2)右侧火山图的数据:第一列是基因名(唯一);第二列是log2FC(正的表示上调,负的表示下调);第三列是p值(或者FDR等)。
3)待标注的共有基因:一行一个。这里推荐左侧火山图上调基因,右侧火山图下调基因;或者左侧火山图上调基因,右侧火山图上调基因(右侧的火山图左右会反转,上调在左侧,下调在右侧)
论文例子
Liver-Inspired Polyetherketoneketone Scaffolds Simulate Regenerative Signals and Mobilize Anti-Inflammatory Reserves to Reprogram Macrophage Metabolism for Boosted Osteoporotic Osseointegration. Fig4A
输入 示例数据
输出

如何引用?

建议直接写网址。4400+篇google学术,3700+篇知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Oct 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.