motif logo

简介
序列motif，通常指的是在生物序列分析中，特别是DNA、RNA或蛋白质序列中，出现的一段具有特定功能或结构特征的短序列。这些motif可以是进化上保守的，也可以是具有特定生物学意义的模式。序列motif的识别对于理解基因的调控、蛋白质的功能以及生物分子的相互作用至关重要。 在DNA序列中，motif可能代表转录因子结合位点，这些位点是转录因子识别并结合到DNA上以调控基因表达的特定序列。DNA序列motif的识别可以帮助研究者了解基因调控网络。
RNA序列中的motif可能与RNA的二级结构或三级结构有关，这些结构对RNA的功能至关重要。例如，miRNA的前体序列中就包含特定的motif，这些motif对于miRNA的成熟和功能至关重要。
蛋白质序列中的motif通常指的是蛋白质结构域或蛋白质家族中的保守序列。这些motif可能与蛋白质的特定功能或其与其他分子的相互作用有关。例如，锌指结构域就是一种常见的蛋白质motif，它允许蛋白质与DNA结合。
数据说明
输入为fasta格式。第一行是大于号+名字，后续行为每个位点的碱基（例如ACGT）频率。调用motifStack R包
论文例子
motifStack for the analysis of transcription factor binding site evolution

输入	>name1 A 0.119 0.018 1 0 0.068 0.411 0.171 C 0.707 0.12 0 1 0.235 0.001 0.269 G 0.06 0.861 0 0 0.459 0.215 0.221 T 0.114 0.001 0 0 0.238 0.373 0.339
输出

如何引用？

建议直接写网址。4400+篇google学术，3700+篇知网学术
正式引用：Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节：Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Oct 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节：We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.