带聚类树自动分割(cut)的热图
简介
根据预设值的切割数,将聚类热图根据层次聚类结果用空白线进行分割,调用pheatmap R包
数据说明
第一行为样品名字。第一列是基因名,其余为数据。数据进行双向聚类,并输出每行、每列所在的cluster(可以通过搜索pdf图上的名字,来确定结果cluster数字在图上的位置,然后使用其他热图模块重新绘图)
注意:1,若基因有重名的,取均值;样品也不能有重名的。2,
制表符分隔,可以在excel中做转化(例如log2等,这里默认数据已经处理好),然后贴过来。
论文例子
如何引用?
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知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Oct 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.