将多个基因名一样的表达值合并
简介
一个基因symbol可能对应多个探针、转录本,ensembl基因等,在进行表达、聚类分析时,需要将具有相同基因symbol的行合并。注:这里所有数值取float,忽略精度。即小数点后第6位开始可能跟你用excel算的不一致,对结果没影响
输入数据
输入为矩阵形式,例如表达矩阵,N行*M列,不能有cell缺,或者NA或者空
常用场景
1,affymetrix多个探针对应一个基因时,取均值代表基因水平表达。
2,RNA-seq多个ensembl对应一个gene symbol时,取均值合并。
3,质谱中多个蛋白对应一个gene symbol时,取均值合并。
如何引用?
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google学术,3700+篇
知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Oct 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.