KEGG数据库中任意物种的通路富集分析
简介
KEGG数据库中包含近8000种物种,可以根据KEGG数据库中基因-通路,通路-通路名的对应关系,利用clusterProfiler的enrichr函数对kegg中任意物种的通路进行富集分析。
数据说明
输入数据包括3个:1)
基因-通路对应关系;2)
通路-通路名对应关系,其中vps为待分析物种的字母缩写,需要换成你自己的物种缩写(见:
KEGG物种);3)差异基因列表(必需是来自(1)里边的基因)。默认输出全部结果,可以使用微生信网站其他模块进行绘图。
论文例子
如何引用?
建议直接写网址。4400+篇
google学术,3700+篇
知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Oct 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.